Se aggiornando NextGen alla versione 2.0 non funziona più, e vedete che non vengono inclusi i file .js corretti (ma, ad esempio, viene incluso jQuery), forse è perché nel tema non è richiamata la funzione wp_footer(). I file JS, infatti, nelle versioni precedenti venivano inclusi nella head, e quindi con wp_head(), mentre ora sono inclusi nel footer. Basta aggiungere la funzione dentro footer.php e tutto magicamente riprende a funzionare 🙂